Müzikle tedavi, çeşitli hastalıkların rehabilitasyonunda destekleyici bir yöntem olarak kullanılmaktadır. Bu hastalıklar arasında: Kronik nörolojik hastalıklar: İnme, Parkinson hastalığı, Alzheimer hastalığı, MS gibi. Psikiyatrik sorunlar: Anksiyete, depresyon, kişilik bozuklukları, şizofreni. Motor, duysal ve bilişsel bozukluklar. Kanser: Ağrı, kaygı, depresyon ve ilaç yan etkilerini azaltmada yardımcı olabilir. Yanık, yoğun bakım ve doğum üniteleri: Operasyon öncesi kaygı ve operasyon sonrası ağrıyı azaltmak için. Ancak, müzik terapi tek başına hastalıkları tedavi eden bir yöntem olarak görülmemelidir.