Motorlu pipo filtresinin kaç saat çalışması gerektiği, akvaryumdaki balık yükü ve diğer filtreleme sistemlerine bağlı olarak değişir. Genellikle, pipo filtreler 24 saat çalıştırılması önerilir. Ancak, akvaryum hacmine ve balık yüküne bağlı olarak, tek başına kullanıldığında 100 litreye kadar olan akvaryumlarda pipo filtre 2-3 gün boyunca çalıştırılabilir. Eğer sadece pipo filtre varsa, geceleri kapatılmaması önerilir.