Motorlu pipo filtresinin kaç saat çalışması gerektiği, akvaryumdaki balık yükü ve diğer filtreleme sistemlerine bağlı olarak değişir. Genellikle, pipo filtreler 24 saat çalıştırılması önerilir 5. Bu, mekanik ve biyolojik filtrasyonun sürekli olarak devam etmesini sağlar ve suyun temizlenmesini iyileştirir 5.

Ancak, akvaryum hacmine ve balık yüküne bağlı olarak, tek başına kullanıldığında 100 litreye kadar olan akvaryumlarda pipo filtre 2-3 gün boyunca çalıştırılabilir 2.

Eğer sadece pipo filtre varsa, geceleri kapatılmaması önerilir 4. Ancak, diğer filtreler de mevcutsa, geceleri kapatılabilir 4.