Peugeot 407'nin en büyük sorunları arasında motor, süspansiyon ve elektronik sistemler ile ilgili problemler öne çıkmaktadır. Diğer kronik sorunlar ise şunlardır: - Turbo arızaları: Zamanla turbo sisteminde aşınma ve yağ kaçağı gibi sorunlar ortaya çıkabilir. - Enjektör sorunları: Enjektörlerin tıkanması veya arızalanması, motorun düzensiz çalışmasına ve yakıt tüketiminin artmasına neden olabilir. - EGR valfi arızası: EGR valfinin kirlenmesi veya tıkanması, motorun verimli çalışmasını engeller ve yakıt tüketiminde artışa yol açabilir. - Süspansiyon ve yürüyen aksam sorunları: Bozuk yollarda süspansiyon bileşenlerinin çabuk yıpranması ve yol tutuş performansının azalması. - Elektriksel sorunlar: Far, gösterge paneli ve elektrikli pencere mekanizmalarında arızalar yaşanabilir.