Peugeot 106'nın en iyi motoru, kişisel tercihlere ve kullanım amaçlarına bağlı olarak değişebilir. Ancak, bazı motor seçenekleri öne çıkmaktadır: 1.6 GTI: 120 beygir gücünde olup, 8.7 saniyede 0'dan 100 km/s hıza ulaşabilir ve maksimum 205 km/s hıza sahiptir. 1.4 VTI: LPG ile oldukça az yakıt tüketimi sağlar ve performanslıdır. Ayrıca, 1.0, 1.1 ve 1.4 litrelik benzinli motor seçenekleri ile 1.5 litrelik dizel motor seçenekleri de bulunmaktadır. Motor seçimi yaparken, aracın modifiyeye yatkınlığı, parça ucuzluğu ve kullanım amacı gibi faktörler de göz önünde bulundurulabilir.