Beşiktaşlı Yahya Efendi, 4 Mayıs 1571 tarihinde, Kurban Bayramı gecesi vefat etmiştir. Ölümüyle ilgili kesin bir bilgi bulunmamakla birlikte, bazı kaynaklarda siyasi bir olayın etkisi olduğu belirtilmektedir. Yahya Efendi, Kanuni Sultan Süleyman'ın oğlu Şehzade Mustafa'nın öldürülmesi ve annesinin saraydan uzaklaştırılması üzerine padişaha bir mektup yazarak uyarıda bulunmuştur. Yahya Efendi'nin ölümü, bu olayın ardından yaşanan bir üzüntü veya stresin sonucu olabilir. Ancak, ölüm nedeni kesin olarak kaydedilmemiştir.