Beşiktaşlı Yahya Efendi'nin hikayesi şu şekilde özetlenebilir: 1. Hayatı: 1494 yılında Trabzon'da doğan Yahya Efendi, Amasyalı Ömer Efendi ile Trabzonlu Afife Hatun'un oğludur. 2. Eğitimi: Uzun süre Trabzon'da kadılık yapan babasından ve İstanbul'da Zenbilli Ali Efendi'nin sohbetlerinde bulunarak tahsilini tamamladı. 3. Müderrislik: Çeşitli medreselerde müderrislik yaptı ve 1553 yılında İstanbul'un ilk yüksek öğretim kurumu olan Sahn-ı Seman medreselerinden birinde görev aldı. 4. Emekliliği: Kanuni Sultan Süleyman'ın Şehzade Mustafa'yı öldürmesi üzerine yaşanan karışıklıklar nedeniyle emekli oldu. 5. Tekke Kurması: Emekli olduktan sonra Beşiktaş'ta bir arazi alarak dergahını boğazın kenarına kurdu. 6. Vefatı: 1569 yılında Kurban Bayramı gecesinde vefat etti ve cenaze namazı Süleymaniye Camii'nde Şeyhülislam Ebussuud Efendi tarafından kılındı.