Troya'yı kimin yok ettiği konusunda farklı görüşler bulunmaktadır: Homeros'un İlyada Destanı'na göre, Troya, MÖ 1200 civarında, Yunan krallıklarının koalisyonu tarafından 10 yıl süren bir kuşatma sonucunda yok edilmiştir. Bazı tarihçilere göre, Troya'nın kaderini, MÖ 1200 yılında Hititlerin başkenti Hattuşa'nın, batıdan gelen denizci istilacı orduların Anadolu'nun içlerine düzenlediği seferler ile yıkılması belirlemiştir. Ayrıca, MÖ 1190-1175 yılları arasında gerçekleşen ve "Deniz Kavimleri Göçü" olarak bilinen olaylar sırasında da birçok şehir devletinin yok edildiği ve bu dönemde Troya'nın da yıkılma ihtimali olduğu belirtilmektedir. Troya'nın yok edilişiyle ilgili kesin bir bilgi bulunmamakla birlikte, şehrin tarih boyunca birçok yıkım ve savaşa tanıklık ettiği bilinmektedir.