Selçuklu Devleti, Moğolları doğrudan yenememiştir. Ancak, Moğollara karşı bazı önemli savaşlar ve stratejiler geliştirmiştir: Yassıçemen Savaşı (1230): Anadolu Selçuklu Devleti, Harzemşahlarla Moğollara karşı ittifak kurmak istemiş, ancak Harzemşahlar bu çağrıya yanıt vermemiştir. Bunun üzerine Anadolu Selçuklu Devleti, Harzemşahlarla Yassıçemen'de savaşmış ve galip gelmiştir. Kösedağ Muharebesi (1243): Moğol ordusu, Baycu Noyan komutasında Anadolu'ya girmiş ve Kösedağ'da Anadolu Selçuklu Devleti ile karşılaşmıştır. Anadolu Selçuklu Devleti bu savaşta büyük bir yenilgi almış ve Moğollar Anadolu'yu istila etmiştir. Selçuklu Devleti, Moğollara karşı tam anlamıyla bir zafer kazanamamış, ancak bazı bölgelerde direniş göstermiştir. Moğolların Anadolu'daki hakimiyeti, 1308 yılına kadar sürmüş ve bu dönemde Anadolu'da birçok beylik kurulmuştur.