Pegasus, Yunan mitolojisindeki deniz tanrısı Poseidon ile yılan saçlı Gorgon Medusa’nın oğludur 1. Medusa, Athena tapınağında Poseidon tarafından baştan çıkarıldıktan sonra Athena'nın gazabına uğrar ve saçları yılan demetlerinden oluşan bir canavara dönüştürülür 1.

Pegasus ve kardeşi Chrysaor, Perseus tarafından başı kesilerek öldürülen Medusa’nın gövdesinden doğar 1.

Pegasus, son derece nazik, ince ruhlu, saf ve iyi kalpli bir yaratık olarak tanımlanır 1. Bir Yunan kahramanı olan Bellerophontes, Pegasus'a binerek tanrıların dağı Olimpos’a uçmayı dener, ancak Zeus bunu öğrenince Pegasus'u ısırması için bir at sineği gönderir 15. Sinek tarafından ısırılan Pegasus yüzünden dengesini yitiren Bellerophon dünyaya geri dönmek zorunda kalır 1.

Tek başına kalan Pegasus uçmaya devam eder ve Olympos’taki Zeus’un yanına ulaşır 1. Zeus, Pegasus'un hizmetinden o kadar memnun kalır ki, onu sonsuza kadar bir takımyıldız olarak yıldızların arasına yerleştirir 5.

Pegasus ismi, şirketin kurucu ortaklarından olan Burhan Silahtaroğlu tarafından önerilmiştir 3. Bu isim, hem Anadolu'ya ait hem de Yunan mitolojisi nedeniyle Avrupa'da aşina olunan bir isimdir 3.

Pegasus Hava Yolları, 1990 yılında Aer Lingus, Silkar Yatırım ve Net Holding'in ortak girişimiyle İstanbul'da kurulmuştur 24.