Osmanlı döneminde yok olan belgeler arasında şunlar bulunmaktadır: 1. Harbiye Nezareti Belgeleri: 1. Dünya Savaşı sırasında Osmanlı Başkomutanlık Karargâhı'nda bulunan ve 1826'dan 1922'ye kadar olan Seraskerlik, Harbiye Nezareti ve Erkân-ı Harbiyye-i Umumiyye Riyaseti'nin yazışmaları, yakılarak veya uygun olmayan mahzenlere kaldırılarak yok edilmiştir. 2. Osmanlı Arşiv Belgeleri: 1931 yılında İstanbul Defterdarlığı tarafından, Osmanlı döneminden kalan 1.5 milyon tarih belgesi, okkası 3 kuruş 10 paraya Bulgaristan'a satılarak yok edilmiştir. 3. Diğer Belgeler: Yangınlar ve depolar arası taşınmalar gibi nedenlerle de belgeler kaybolmuştur.