Niksar Kalesi'nin hikayesi şu şekilde özetlenebilir: İlk yapım: Esas olarak Pers kökenli Pontus Krallığı zamanında yapılmış ve adı Kaberia olarak bilinmektedir. Roma Dönemi: Kale, Roma Dönemi'nde yeni yapılarla günümüzdeki konumuna gelmiştir. Danışmendliler Dönemi: Sultan Melik Gazi, 476 yılında kaleyi Rumlardan alarak Danışmend oğullarına ilk hükümet merkezi yapmıştır. Güçlendirme: 7. ve 9. yüzyıllarda güneyden gelen akınlara karşı kale güçlendirilmiştir. Diğer medeniyetler: Kale, tarih boyunca Selçuklu ve Osmanlı medeniyetleri tarafından da kullanılmıştır. Nizamettin Yağıbasan Medresesi: Büyük Selçuklu Devleti döneminde, 12. yüzyılın ilk çeyreğinde açılan Nizamettin Yağıbasan Medresesi, kale içinde yer alır. Niksar Kalesi, aynı zamanda "İyi Hisar" anlamına gelen "Nik Hisar" olarak da anılmıştır.