Mayalar'ın kökeni, günümüz Meksika'sının güneydoğusundan başlayarak Guatemala, Belize, El Salvador ve Honduras'a kadar uzanan Mezoamerika topraklarına dayanmaktadır. İlk yerleşimlerinin M.Ö. 2000 civarında ortaya çıktığı ve tarımı, zanaatları ve ticareti kademeli olarak geliştirdikleri, şehirlerin büyümesine ve toplumsal yapının karmaşıklaşmasına yol açtığı bilinmektedir. Bazı teoriler, Mayalar'ın kökenini şu şekilde açıklamaya çalışmaktadır: James Churchward'ın tezi: Mayalar, yaklaşık 12.000 yıl önce Büyük Okyanus'un sularına gömülmüş efsanevi Mu kıtasından göç etmiş bir halkın torunlarıdır. Asya'dan göç teorisi: Asya'dan Amerika'ya Bering Boğazı yoluyla göç edilmiş olabileceğini varsayar. Ancak, bu teoriler henüz kanıtlanmış değildir.