Makedonların kökeni, antik dönemde Balkanlar'da yaşayan çeşitli kabilelere dayanmaktadır. Bazı kabul edilen kökenler: - Paionyanlar: Vardar havzasında, bugünkü Kuzey Makedonya'da yaşamışlardır. - Pelagonesler: Pelagoniyenye bölgesinde, batıda ise İlirya halkları tarafından iskan edilmişlerdir. - Mikenliler ve Dorlar: Antik Makedon dilinin Yunanca'nın bir ağzı olmasının nedeni olarak gösterilmektedirler. Ayrıca, Makedonların genetik soyu, tarih öncesi ve tarihi demografik süreçleri yansıtan Balkan halklarıyla da ilişkilidir.