İshak Paşa'nın iki farklı mezarı bulunmaktadır: 1. İshak Paşa Türbesi, Konya: Şems-i Tebrizî Külliyesi'nin hemen kuzeydoğusunda yer alır ve "Kızlar Türbesi" veya "Üç Kızlar Türbesi" olarak da bilinir. 2. İshak Paşa Sarayı Mezarlığı, Ağrı: Doğubayazıt ilçesinde, şehre hâkim bir tepenin üstündedir.