İshak Paşa Sarayı'nın restorasyonunda yapılan yanlışlar, gelişigüzel ve dönemin ihtiyaçlarına uygun olmayan restorasyon çalışmaları nedeniyle ortaya çıkmıştır. Bu yanlışların bazı nedenleri şunlardır: Özgün yapının bozulması: Restorasyon sırasında yapılan eklemeler ve değişiklikler, sarayın orijinal yapısını bozmuştur. Uygun olmayan malzemeler: Güneş ışığını kırmak ve eserleri korumak amacıyla yapılan cam tavan gibi uygulamalar, sarayın tarihi dokusuna aykırı malzemeler kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Eksik restorasyon bilgisi: Restorasyon çalışmalarının, tarihi yapıların doğru şekilde nasıl restore edilmesi gerektiği konusunda yeterli bilgiye sahip olmayan kişiler tarafından yapılması.