Sinekli Bakkal romanının ana fikri, II. Abdülhamit dönemindeki Osmanlı toplumunun panoramik bir tablosunu çizmek ve bu toplumun çeşitli kesimlerinin yaşam biçimlerini, değerlerini ve çatışmalarını yansıtmaktır. Romanda ayrıca şu temalar da işlenmiştir: Doğu-Batı çatışması: Rabia (Doğu) ve Peregrini (Batı) arasındaki evlilik, bu iki kültürün birleşimini simgeler. Din: Romanda din, yasakçı ve korkutucu bir unsur olarak İlhami Efendi, sevgi ve hoşgörü tarafı ise Vehbi Dede üzerinden temsil edilir. Toplumsal sorunlar: Roman, siyasal ve toplumsal sorunlarla ilgili düşünceleri yansıtır; Sinekli Bakkal Mahallesi gelenekleri ve insancıl değerleri sürdüren halk sınıfını, Hilmi ve arkadaşları devrimci aydınları, saray çevresi ise yozlaşmış yönetici sınıfı temsil eder.