Bozcaada Kalesi'nin içinde şu yapılar bulunmaktadır: Etnografya sergisi ve açık hava müzesi. İki cephanelik. Bir kuyu. İki tabya yeri. Kamacı atölyelerinin bulunduğu bina temelleri. Tören ve eğitim alanları. Eskiden kale içinde yaşayanların evlerinin bulunduğu, şimdi boş bir alan. Revir, cami, minare, zindanlar ve kışla (iç kalenin giriş bölümünde). Levazım deposu, cephanelik ve sarnıç (ortada). Ayrıca, kale içinde Bozcaada ile ilgili tarihi ve etnografik eserlerin sergilendiği bir sergi mekanı da bulunmaktadır.