Çanakkale Bozcaada Kalesi'nin hangi uygarlığa ait olduğu kesin olarak bilinmemektedir. Ancak, kalenin tarih boyunca Fenikeliler, Cenevizler, Venedikliler ve Osmanlılar tarafından kullanıldığı bilinmektedir. Osmanlı döneminde, Fatih Sultan Mehmet tarafından esaslı bir şekilde onarılmış, 1657 yılında Köprülü Mehmed Paşa ve 1815 yılında II. Mahmut döneminde büyük bir onarım geçirmiştir. Venedikliler, adadaki egemenlikleri sona erince kaleyi tahrip edip çekmişlerdir.