Baba İshak İsyanı'nın çıkmasında birden fazla neden bulunmaktadır: 1. Moğol istilasından kaçan Türkmenlerin Anadolu'ya göçü: Moğol korkusundan dolayı yurtlarını terk eden Türkmenler, Doğu ve Güneydoğu Anadolu'ya gelmiş, ancak Selçuklular tarafından ekonomik olarak desteklenememişlerdir. 2. Yönetim boşluğu ve Türkmenlerin dışlanması: Anadolu Selçuklu sultanlarının dirayetsizliği ve Türkmenlerin yönetimden dışlanması, halkın idareye karşı hoşnutsuzluğunu artırmıştır. 3. Ağır vergiler ve ekonomik zorluklar: Gittikçe ağırlaşan vergiler ve halkın yoksullaşması, isyana zemin hazırlamıştır. 4. Dini ve tasavvufi nedenler: İran bürokrasisinin hakim olduğu sarayın dini ve kültürel anlayışıyla, Anadolu'ya gelen Türkmen şeyh ve dervişlerin telkin ettiği din anlayışı arasındaki uzlaşmazlık da isyanı tetiklemiştir.