Azeri Türklerinin kökeni, tarihsel olarak çeşitli kavimlerin karışımına dayanmaktadır. Başlıca köken teorileri: 1. Selçuklu Göçleri: 11. yüzyılda Orta Asya'dan gelen Oğuz Türkleri ve diğer Türkmen boylarının akınlarıyla Azerbaycan'a yerleşmeleri. 2. İskit-Sak Kavimleri: MÖ 8.-7. yüzyıllarda İskit-Sak kavimlerinin Güney Kafkasya'ya yerleşmesi ve yerel kavimlerle karışarak Azerbaycan ulusunun oluşumunda rol oynaması. 3. Albanya Tezi: İslam'ın bölgeye yayılmasıyla müslümanlığı kabul eden Albanlar ile Türk boylarının karışarak Türkleşmeleri. Ayrıca, Azerbaycan'ın genetik yapısı, Orta Asya'dan gelen göçmen toplulukların asimilasyonu ve yerel halklarla karışması sonucu da şekillenmiştir.