Alişar Höyüğü, tarih boyunca çeşitli uygarlıklara ev sahipliği yapmıştır. Başlıca uygarlıklar şunlardır: Neolitik Dönem: Höyük, Neolitik Çağ'dan başlayarak Kalkolitik, Tunç Çağı ve Hitit dönemleri boyunca yerleşim görmüştür. Hititler: MÖ 1400-1200 yılları arasında Alişar, Hitit İmparatorluğu'nun bir taşra kasabasıydı ve savunma stratejileriyle öne çıkan bir yerleşim haline gelmiştir. Frigler: MÖ 1200-700 yılları arasında Alişar'da Hitit ve Frig kültürü bir arada yaşamıştır. Med, Pers, Helenistik, Roma, Bizans, Selçuklu ve Osmanlı Dönemleri: Bu dönemlerde de yerleşim görülse de, bu dönemlere ait çok az kalıntı bulunmuştur.