Akşemsettin'in Fatih Sultan Mehmet'e kızmasının nedeni, Fatih'in dervişliğe kabul edilme isteği olabilir. Ayrıca, Akşemsettin'in Fatih'e yazdığı mektupta, fethe inananlarla inanmayanların ayrılması gerektiği yönünde bir öğüt verdiği iddiası da bulunmaktadır. Akşemsettin'in, Fatih'in bir ziyaretinde huzura girişinde ayağa kalkmaması da bir başka olay olarak kaydedilmiştir. Bu olaylar dışında, Akşemsettin ve Fatih arasında geçen başka bir anlaşmazlık, Akşemsettin'in yeniçerilerin başına devşirme olmayan, Müslüman doğmuş birinin geçirilmesi gerektiği görüşü ve devşirmeleri eleştirmesiyle ilgili olabilir.