Ağlayan Çınar'ın "ağlama" sebebi, bir efsaneye göre, eski adıyla Apolyont, şimdiki adıyla Gölyazı'da yaşayan Türk genci Mehmet ve Rum kızı Eleni'nin trajik aşk hikayesine dayanır 14.

Mübadele kararı sonrası, Mehmet göç edenlerin arasında Eleni’nin de olduğunu öğrenir ve onu aramaya karar verir 14. Ancak, Eleni’nin ağabeyi Yorgi, Mehmet’in bu kararından vazgeçmesini ister 14. Mehmet’in kabul etmemesi üzerine Yorgi, Mehmet’i öldürür 14. Mehmet, can çekişerek çınarın yanına gider ve kanıyla çınara Eleni'ye olan sevgisini yazar 14. Eleni, durumu arkadaşı Penelope'den öğrenir ve çınarın olduğu yere gider 14. Mehmet’in cesedine sarılan Eleni, kendini öldürür 14. Bu olaydan sonra çınar, kırmızı renkte sıvı akıtmaya başlar 1.

Ağlayan Çınar'ın gerçekten ağlayıp ağlamadığı ise kesin olarak bilinmemektedir.