Ağlayan Çınar'ın suyunun kırmızı akmasının nedeni, ağacın köklerinin göle kadar uzanması ve bahar aylarında göl su seviyesinin yükselmesiyle birlikte ağacın öz suyunun artmasıdır . Bu durum, ağacın çeşitli yerlerinden kırmızımsı suların damlamasına yol açar.
Ayrıca, bölge halkı arasında yaygın olan bir efsaneye göre, 97 yıl önce Mehmet ve Heleni adlı iki gencin hüzünlü aşk hikayesi de bu kırmızı gözyaşlarıyla ilişkilendirilmektedir .