Mahsup ve takas arasındaki temel fark, hukuki işlem ve borçların niteliğidir. Mahsup, vergisel işlemlerde uygulanan bir muhasebe işlemidir ve karşılıklı bir borç olmadığı halde, yıllık beyanname üzerinde stopaj indirimi gibi durumlarda kullanılır. Takas ise, karşılıklı iki tarafın birbirine karşı aynı tür ve muaccel (vadesi gelmiş) alacaklara sahip olması durumunda, bu alacakların karşılıklı olarak sona erdirilmesini sağlayan bir hukuki işlemdir.