Sulama birliği başkanı, DSİ'nin teklifi üzerine Bakan tarafından kamu personeli arasından dört yıla kadar görevlendirilir. Seçim süreci şu şekilde gerçekleşir: 1. Başkan değişikliği yapılacak birliklerin isimleri, görev sahaları, başvuru süresi ve adresi gibi bilgilerin yer aldığı ilan, DSİ bölge müdürlüğü internet sitesinde on gün süreyle yayınlanır. 2. Adaylar, ilan süresinin bitiminden itibaren en geç on gün içinde bölge müdürlüğü işletme ve bakım şube müdürlüğüne şahsen başvurur. 3. Adaylar hakkında bölge müdürlüğünce değerlendirme cetveli doldurulur ve 60 puan ve üzerinde puan alan adaylar sıralanır. 4. En yüksek puanı alan adaya ilişkin bilgi ve belgeler, Bakanlık Makamının Olur’una sunulmak üzere Genel Müdürlüğe teklif edilir. 5. DSİ Genel Müdürü, adayı uygun bulursa Bakan Olur’una sunar; uygun bulmazsa yeni bir aday belirlenmesi için teklifi iade eder. 6. Birlik başkanlığı için istekli aday bulunmaması halinde, değerlendirme cetveline göre 60 puanın üzerinde puan alan bölge müdürlüğü kamu personeli, DSİ’nin teklifi üzerine Bakan Olur’u ile resen görevlendirilir. Uyarma ve kınama cezası dışındaki herhangi bir disiplin cezası ile cezalandırılmış olanlar, sulama birliği başkanı olarak görevlendirilemez.