Soruşturma iznine itiraz, bölge idare mahkemesine, Danıştay'a veya ilgili idareye yapılabilir. İtirazın yapılacağı yer, itirazın içeriğine göre değişir: Danıştay 2. Dairesi: Cumhurbaşkanı, ilgili bakan, TBMM Genel Sekreteri, TBMM Başkanı, Cumhurbaşkanlığı İdari İşler Başkanlığı ve İçişleri Bakanı tarafından verilen soruşturma izinlerine karşı yapılan itirazlarda görevli mahkemedir. Bölge İdare Mahkemesi: Diğer tüm itirazlarda görevli mahkemedir. İtirazlar, öncelikle incelenir ve en geç üç ay içinde karara bağlanır.