Pegasus kazasının nedenleri şu şekilde sıralanabilir: 1. Yıldırım Düşmesi: Uçağa inişten hemen önce yıldırım düştü ve bu durum pilotların konsantrasyonunu etkiledi. 2. Kule Anonsu: Kule, önceki uçakların pas geçtiğini Türkçe anonsla bildirdi ve Hollandalı ikinci pilot bu anonusu anlamadı. 3. Rüzgar Durumu: Arka rüzgar saatte 26.4 km süratle esiyordu ve Pegasus'un arka rüzgar pas geçme limiti saatte 28 km idi. Pilotlar, toleranslar içinde olan uçakla iniş kararı aldı. 4. Frenleme Hatası: Pilotlar, normal frenleme yapmaya başladı ancak aniden arka taraftan gelen rüzgarın sürati arttı ve uçak kaymaya başladı. 5. Pist Yapısı: Pistin sonunda "stop way" adı verilen yumuşak toprak zeminli saha yerine dik eğim bulunması, uçağın parçalanmasına neden oldu. Kazada pilot hatası düşük seviyelerde olarak değerlendirildi.