Vergi istisna belgesinin iptal edilmesi durumunda, belge kapsamında uygulanan istisnalar, 213 sayılı Vergi Usul Kanunu ve 6183 sayılı Amme Alacaklarının Tahsil Usulü Hakkında Kanun hükümlerine göre tahsil edilir. Ayrıca: İhracat taahhüdü müeyyideli kapatılırsa, taahhüt kapatma işlemine karşı itiraz başvurusunda bulunulması durumunda, müeyyide uygulanmasına yönelik işlemler durdurulur. Bilgi ve belgelerin gerçek dışı olduğu tespit edilirse, ilgili istisnalar geri alınır ve ilgililer hakkında yasal işlem yapılır. İnceleme veya soruşturma sonucunda sahtecilik veya tahrifat sabit olursa, ilgili firma adına 1 yıl süreyle yeni bir vergi istisna belgesi düzenlenmez. Vergi istisna belgesinin iptalinin, yatırımcının kontrolü dışındaki nedenlerden kaynaklanabileceği ve bu durumda da yatırımcının ödemediği vergileri cezalı olarak ödemek zorunda kalabileceği belirtilmiştir.