Vergi istisna belgesi iptal edilirse, ilgili belge kapsamında uygulanan istisnalar da iptal edilir ve bu istisnaların 213 sayılı Vergi Usul Kanunu ve 6183 sayılı Amme Alacaklarının Tahsil Usulü Hakkında Kanun hükümlerine göre tahsil edilmesi gerekir. Ayrıca, belgenin iptal edilmesi durumunda, ilgili firmanın ihracat taahhüdünü kapatması için Türkiye Cumhuriyet Merkez Bankası şubesine müracaat etmesi gerekmektedir.