Göç İdaresi Başkanlığı merkez teşkilatı şu birimlerden oluşmaktadır: 1. Yabancılar Genel Müdürlüğü: İkamet izinleri, vize ve sınır kapıları gibi işlemleri yürütür. 2. Uluslararası Koruma Genel Müdürlüğü: Uluslararası koruma ve geçici koruma işlemlerini yapar. 3. Düzensiz Göçle Mücadele ve Sınır Dışı İşleri Genel Müdürlüğü: Düzensiz göç ve sınır dışı işlemleri ile ilgilenir. 4. Uyum ve İletişim Genel Müdürlüğü: Yabancı uyruklu kişilerin toplumla uyumunu sağlar. 5. Yönetim Hizmetleri Genel Müdürlüğü: Bilgi işlem, strateji geliştirme, personel ve destek hizmetleri gibi genel yönetim işlerini yürütür. 6. Hukuk Müşavirliği: Hukuki konularda danışmanlık ve hizmet sunar. 7. Rehberlik ve Denetim Başkanlığı: İç denetim ve rehberlik faaliyetlerini gerçekleştirir. 8. Dış İlişkiler Dairesi Başkanlığı: Yurt dışı ile olan ilişkileri yönetir.