Araştırma ve soruşturma yapmak üzere muhakkik olarak görevlendirilen müfettiş, soruşturma konusuyla sınırlı olarak kendisini görevlendiren disiplin amirinin bütün yetkilerini haizdir. Ayrıca, 4483 sayılı Memurlar ve Diğer Kamu Görevlilerinin Yargılanması Hakkında Kanun kapsamında ön inceleme yapan muhakkikler, bakanlık müfettişleri ile kendilerini görevlendiren merciin yetkilerini haiz olup, bu kanunda hüküm bulunmayan hususlarda Ceza Muhakemeleri Kanununa göre işlem yapabilirler. Müfettişlerin, görevlerini yaparken elektronik ortamdaki kayıtlar da dâhil olmak üzere gerekli gördükleri her türlü bilgi, defter ve belgeleri isteme, inceleme ve onanmış örneklerini alma yetkileri de bulunmaktadır. Müfettişlerin, kamu personelinin görevden uzaklaştırma yetkisi ise özel kanunlarla belirli mercilere verildiğinden, bizzat kullanma yetkileri yoktur; ancak zaruret hâlinde yetkili mercilerden (Bakan, Vali, Kaymakam) bu yetkinin kullanılmasını talep edebilirler.