Laboratuvar Şube Müdürlüğü çeşitli görev ve sorumluluklara sahiptir: 1. Ölçüm ve Analizler: Çevre mevzuatı kapsamında her türlü izin, izleme ve denetimlere esas teşkil eden ölçüm ve analizleri yapar. 2. Laboratuvar Yetkilendirmesi: Özel veya kamuya ait kurum ve kuruluş laboratuvarlarını yetkilendirir. 3. Yeterlik Belgesi: Laboratuvarların yeterlik belgesi ve kapsam genişletme başvurularını alır, değerlendirir ve komisyonlar kurar. 4. Denetim: Yeterlik belgesi almış laboratuvarların denetlenmesi için denetim planları oluşturur ve uygular. 5. Kalite Sistemleri: Laboratuvarların uzaktan denetlenmesi ve izlenmesi için kalite sistemlerini oluşturur, uygular ve sürdürür. 6. Eğitim ve Yayınlar: Görev alanına giren konularda eğitimler düzenler, yayın ve yayım çalışmaları yapar. 7. Uluslararası Çalışmalar: Uluslararası çalışmaları izler, katılım sağlar ve ulusal düzeyde uygulanmasını sağlar.