EKAP ihale bedeli ödemeleri, Elektronik Kamu Alımları Platformu (EKAP) üzerinden alınan ilan bedeli ödeme pusulası ile Kamu İhale Kurumu'nun Ziraat Bankası, Halk Bankası ve Vakıflar Bankası nezdindeki kurumsal tahsilat hesaplarına yapılır. Ayrıca, Muhasebat Genel Müdürlüğüne bağlı genel bütçeli idareler, ödeme emri belgesi/muhasebe işlem fişi açıklamasının en başına ihale kayıt numarası ve barkod numarasını belirterek, Kurumun belirli bir IBAN numarasına ödeme yapabilir. Ödeme yapıldıktan sonra, tahsilat bilgilerinin EKAP sistemine yansıması bir iş gününü bulabilir.