Hudut ve Sahiller Sağlık Genel Müdürlüğü aşağıdaki görevleri yerine getirir: 1. Halk sağlığı risklerini önlemek: Uluslararası giriş noktalarında ve Türk Boğazlarında sağlık denetimleri yaparak halk sağlığını korumak. 2. Seyahat sağlığı hizmeti: Uluslararası önemi haiz halk sağlığı riski olan ülkelere giden insanlara seyahat sağlığı hizmeti vermek. 3. Gemiadamları sağlığı: Ulusal ve uluslararası sularda seyir eden gemilere uzaktan sağlık yardımı ve desteği sağlamak. 4. Çevre sağlığı: Uluslararası giriş noktalarında ve deniz, liman ile karasularında çevre sağlığı işlemlerini yürütmek. 5. Kurumsal kapasite: Personelin yetkinliğini artırmak ve sağlık tesislerinin fiziksel ve teknik altyapısına katkı sağlamak.