663 sayılı Kanun Hükmünde Kararname (KHK) ile Sağlık Bakanlığı, merkez ve taşra teşkilatı ile bağlı kuruluşlardan oluşacak şekilde yapılandırılmıştır. Bakanlık merkez teşkilatı şu birimlerden oluşur: Bakan, Müsteşar ve 5 Müsteşar Yardımcısı; Sağlık Politikaları Kurulu; 12 adet Genel Müdürlük; Yüksek Sağlık Şurası, Tıpta Uzmanlık Kurulu ve Sağlık Meslekleri Kurulu gibi bağlı kuruluşlar. Taşra teşkilatı ise illerde kurulan İl Sağlık Müdürlükleri ve ihtiyaca göre ilçelerde kurulan İlçe Sağlık Müdürlüklerinden oluşur. Bağlı kuruluşlar, 3046 sayılı Kanun’un 1, 10. maddesinde tanımlanmıştır.