Gümrük muhafaza memurlarının çalışma saatleri, konumlarına ve görev aldıkları gümrük kapılarına göre değişiklik gösterebilir. Genellikle haftada 40 saat çalışırlar ve normal iş saatleri içinde görev yaparlar. Vardiyalı sistem uygulanır. Aylık toplam mesai saati 240-260 saati bulabilir. Ayrıca, gümrüklerin iş yüküne ve ihtiyaçlarına bağlı olarak memurlar gece vardiyalarında da çalışabilirler.