EKOBS'a giriş yapmak için iki yöntem kullanılabilir: 1. e-Devlet üzerinden: turkiye.gov.tr üzerinden e-Devlet'e giriş yapılır. Arama bölümüne "EKOBS" yazılır ve "Kamu Hastaneleri Ek Ödeme E-Bordro" hizmeti seçilir. Kimlik doğrulama yöntemlerinden biri kullanılarak sisteme giriş yapılır. Açılan sayfada "Ek Ödeme Bordroları" sekmesine tıklanır, ay ve yıl seçildikten sonra "Görüntüle" butonuna basılır. 2. ekobs.saglik.gov.tr adresinden: ekobs.saglik.gov.tr adresine gidilir. EKOBS kullanıcı adı ve şifresi ilgili bölümlere yazılır. "Giriş Yap" butonuna tıklanarak bordroların yer aldığı sayfaya ulaşılır. EKOBS, Sağlık Bakanlığı'na bağlı kamu hastaneleri ve ağız ve diş sağlığı merkezlerinde çalışan ve ek ödeme alan personel tarafından kullanılabilir.