EKOBS'a giriş yapmak için iki yöntem bulunmaktadır: 1. E-Devlet üzerinden: turkiye.gov.tr adresine girip E-Devlet'e giriş yaptıktan sonra, arama bölümüne "EKOBS" yazarak "Kamu Hastaneleri Ek Ödeme E-Bordro" hizmetini seçmek ve T.C. kimlik numarası ile E-Devlet şifresi ile giriş yapmak gerekmektedir. 2. EKOBS resmi web sitesi üzerinden: ekobs.saglik.gov.tr adresine girip, Ekobs kullanıcı adı ve şifresi ile "Giriş Yap" butonuna tıklamak gerekmektedir.