Bölge idare mahkemesi başkanları, Hâkimler ve Savcılar Yüksek Kurulu (HSYK) tarafından atanır. Bu atamalar, Adalet Bakanlığının ilgili kurumların görüşlerini almasından sonra gerçekleştirilir. Bölge idare mahkemesi başkanlıklarına atanacak kişilerde, en az üç yılı belirtilen görevlerde olmak üzere on yıl devlet hizmeti deneyimi aranır. Ayrıca, Danıştay daire başkanları ve üyeleri, istekleri üzerine HSYK tarafından dört yıllığına bölge idare mahkemesi başkanlığına atanabilirler.