Bilgi İşlem Müdürü, genellikle Genel Sekreterlik veya Genel Sekreter gibi üst bir pozisyona bağlıdır. Ayrıca, bağlı olduğu bölüm yöneticisi ve kendisine bağlı kadrolara karşı da sorumlulukları vardır. Örneğin, Yaşar Üniversitesi'nde Bilgi İşlem Müdürü, Genel Sekreterlik birimine bağlıdır ve kendisine bağlı kadro olarak Bilgi İşlem Müdür Yardımcısı ve uzmanlar bulunur. Başakşehir Belediyesi'nde ise Bilgi İşlem Müdürü, başkanlık makamına veya başkanlık tarafından görevlendirilen başkan yardımcısına bağlı olarak idari teşkilatta yer alır.