Osmanlı Devleti, adalarda yerel sistemlere müdahale etmeden yönetim uygulamış, bu bölgelerin geleneksel dokusunu korumalarına izin vermiştir. Adaların yönetiminde şu özellikler öne çıkmıştır: - Mahalli Meclisler: Halk tarafından seçilen ve genellikle 12 kişiden oluşan meclisler, yerel yönetimi üstlenmiştir. - Vergi Sistemi: Her ada, Osmanlılara kendi geliri ile orantılı ve belirlenen bir vergi vermiştir. - Dini Özgürlük: Gayrimüslim halk, ibadetlerini özgürce yerine getirmiş ve kiliselerinin onarımında serbest bırakılmıştır. - Özerklik Sınırları: Bu sistem, muhtariyet ya da özerk bir yönetim anlamına gelmemiş, merkezi otoritenin denetimi altında kalmıştır.