Sancaktepe'nin yüksekte olmasının nedeni, İstanbul'un bir ilçesi olması ve deniz seviyesinden yaklaşık 100 metre rakıma sahip olmasıdır 1.

İlçenin yüksek kesimleri, özellikle deprem riski açısından daha avantajlı kabul edilmektedir 25. Bu bölgelerde zemin genellikle kayalık ve sert tabakalı olup, yeni yapılar deprem yönetmeliklerine uygun olarak inşa edilmektedir 35. Ancak, Sancaktepe'de zemin yapısı zayıf, sıvılaşma riski taşıyan ve eski yapıların daha fazla bulunduğu mahalleler de bulunmaktadır 3.

Sancaktepe, Kuzey Anadolu Fay Hattı'na doğrudan yakın olmasa da, büyük bir İstanbul depreminde ciddi şekilde etkilenebilecek ilçeler arasında yer almaktadır 3.