Sakarya Nehri, çeşitli nedenlerle tehlikeli olarak değerlendirilmektedir: 1. Kirlilik: Nehir, çevresinde bulunan kum ocakları ve evsel-endüstriyel atıklar nedeniyle ciddi kirlilik tehdidi altındadır. 2. Erozyon: Nehrin doğduğu Eskişehir'den döküldüğü Sakarya'nın Karasu ilçesine kadar olan güzergahta erozyon sorunları yaşanmaktadır. 3. Kuruma Tehlikesi: Artan kuraklık ve bilinçsizce açılan yer altı kuyuları, nehrin beslenmesini doğrudan etkileyerek kuruma riskine neden olmaktadır. 4. İstanbul'a Su Temini: Sakarya Nehri'nin suları, Melen Projesi kapsamında İstanbul'a taşınmakta ve bu da nehrin ekosistemini daha da tehlikeye atmaktadır.