İzmir Körfezi'nin kirli olmasının başlıca nedenleri şunlardır: 1. Atık Su Deşarjları: Körfezin etrafında yaklaşık 5 milyon insanın yaşaması ve arıtma kapasitesinin şehrin yükünü kaldıramaması, atık su deşarjlarının artmasına yol açmıştır. 2. Mikroplastik Kirliliği: Özellikle polietilen türü mikroplastiklerin yoğun olarak bulunması, plastik atıkların zamanla parçalanmasıyla oluşmuştur. 3. Küresel Isınma: Artan sıcaklıklar ve iklim değişikliği, mikroalglerin üremesini tetikleyerek sudaki kirlenmeyi artırmıştır. 4. Arıtma Tesisi Sorunları: Çiğli Atık Su Arıtma Tesisi'nin verimli işletilememesi, körfeze arıtılmadan yüksek miktarda katı atık dökülmesine neden olmaktadır. Bu sorunlar, körfezdeki oksijen seviyesini düşürerek balık ölümlerine ve kötü kokuya yol açmaktadır.