Hayvan gübresi fazla verilirse şu olumsuz sonuçlar ortaya çıkar: 1. Toprakta besin maddesi birikimi: Fazla gübre, toprakta azot (N), fosfor (P) ve tuz birikmesine neden olur. 2. Yeraltı ve yüzey sularının kirlenmesi: Bu birikimler zamanla yeraltı ve yüzey sularına karışarak su kalitesini bozar. 3. Ötrifikasyon: Su kaynaklarında ötrifikasyon meydana gelir, bu da su ekosistemlerinde yaşayan organizmaların ve suyun oksijen içeriğinin değişmesine yol açar. 4. Bitkilerin zarar görmesi: Fazla gübre, bitkilerin köklerine zarar verebilir, yapraklarını yakabilir ve bitkilerde besin dengesizliğine neden olabilir. 5. Antibiyotik direnci: Hayvanlara verilen antibiyotikler ve ilaçlar, gübre yoluyla toprağa geçer ve burada yaşayan mikroorganizma yapısını değiştirerek antibiyotiğe dayanıklı patojen mikroorganizmaların artmasına sebep olur.