Hayvan anatomisi genel olarak iki ana dala ayrılır: 1. Makroskobik Anatomi: Hayvanların gözle görülebilen yapıları üzerinde çalışır, organlar, sistemler ve dış görünüş bu alanın kapsamına girer. 2. Mikroskobik Anatomi (Histoloji): Doku ve hücre yapısını inceleyen bir alandır, mikroskop kullanılarak yapılır. Ayrıca, hayvan anatomisinin karşılaştırmalı anatomi, gelişimsel anatomi ve fonksiyonel anatomi gibi daha spesifik alt dalları da vardır.