Çıldır Gölü'nde balık sayısının azalmasının birkaç nedeni bulunmaktadır: Kaçak ve bilinçsiz avlanma. İstilacı türler. Tatlı su istakozu, İsrail sazanı ve zebra midyesi gibi istilacı türler, doğal balık türlerini tehdit etmektedir. Su seviyesinin düşmesi. Küresel iklim değişikliği ve HES'lere fazla su verilmesi nedeniyle gölün su seviyesi düşmüş, bu da balıkların üreme alanlarının kurumasına yol açmıştır. Evsel ve hayvansal atıklar. Göl, çevresindeki köylerin evsel ve hayvansal atıklarıyla kirlenmektedir.