Aquatik mikrobiyoloji ve aquatik toksikoloji birbiriyle ilişkili iki bilim dalıdır. Aquatik mikrobiyoloji, su ortamlarında yaşayan mikroorganizmaların (bakteriler, algler, mantarlar, virüsler ve protozoalar) incelenmesi ve bu mikroorganizmaların ekosistemdeki rollerini araştırır. Aquatik toksikoloji ise, su ortamlarındaki toksinlerin (insan yapımı kirleticiler) birikimini ve bu toksinlerin balıklar ve diğer su canlıları üzerindeki etkilerini inceler. Bu iki bilim dalı, su ekosistemlerinin sağlığı ve sürdürülebilirliği için birlikte çalışarak, su kaynaklarının korunması ve kirliliğin önlenmesi konularında önemli bilgiler sağlar.