Rurouni Kenshin 2: Kyoto Cehennemi filmi, usta suikastçı Kenshin Himura'nın, acımasız şeytani düşmanı Makoto Shishio'ya karşı Meiji hükümetine yönelik saldırıları engelleme çabalarını konu alır. Ülkenin kaderi, Kenshin'in kılıcını ne kadar ustalıkla kullanacağına bağlıdır.